La chiesa di Isola è una delle antiche pievi vicentine. Probabile primo riferimento dell’impianto ecclesiastico fu la chiesa di Santa Maria sulla cengia, in connessione al castello vescovile, amministrato con concessione vassallatica prima alla famiglia Maltraverso e poi alla famiglia Da Vivaro. Nella contesa feudale tra le due famiglie fu implicata anche l’istituzione e l’intitolazione della chiesa in piano, dedicata a San Pietro Apostolo. La fondazione della nuova chiesa fu innestata nella leggenda della missione evangelizzatrice di San Prosdocimo.
La chiesa è documentata dal 1262, allora ancora titolare del ruolo archipresbiteriale comprendendo nel suo beneficio anche le chiese di San Vitale e San Lorenzo di Castelnovo. Nell’evoluzione dell’impianto pievano, con l’autonomia delle cappelle dipendenti di San Vitale di Castelnovo, San Giovanni Battista di Torreselle e di San Domenico di Villaverla, la pieve di Isola fu limitata alla funzione parrocchiale.
Nel 1466, in rapporto alla presenza in paese del nuovo convento costruito allora di recente sulla cengia, fu soppressa l’autonomia parrocchiale e il beneficio della chiesa fu annesso alla chiesa di Santa Maria del Cengio. Il ruolo di arciprete fu declassato a cappellano. L’elezione del sacerdote restò di competenza del vescovo diocesano, ma su indicazione del priore del convento isolano. L’assoggettamento della cura parrocchiale al convento dei frati canonici di San Salvatore di Venezia durò fino al 1770, causando ripetute e sofferenti contese sul ruolo del parroco, sull’amministrazione finanziaria delle decime e del quartese, sulla manutenzione degli edifici di culto. Nel 1770, con la rinuncia del beneficio parrocchiale da parte del convento, si ricostituì l’autonomia religiosa e finanziaria della parrocchia di San Pietro di Isola. Il parroco, in memoria di un antico ruolo, ritornò a rivestire il titolo di arciprete.
Dopo l’appartenenza al Vicariato di Malo, la parrocchia di Isola fu inserita in quello di Castelnovo.
Nel 2000 la parrocchia di San Pietro di Isola fu incardinata, assieme alla parrocchia di San Giovanni Battista di Torreselle, nell’Unità Pastorale Isola-Torreselle. Nel 2016 fu incardinata nell’Unità Pastorale Castelnovo-Ignago-Isola Vicentina-Torreselle.